Genomic characterization of SARS-CoV-2 and its association with clinical outcomes: a 1-year longitudinal study of the pandemic in Colombia
Summary
Objetivos: Este estudio tuvo como objetivo explorar las asociaciones entre la caracterización molecular del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus-2 (SARS-CoV-2) y la gravedad de la enfermedad en pacientes ambulatorios y hospitalizados en dos epicentros principales de Colombia durante el primer año de la pandemia de enfermedad por coronavirus 2019 .
Métodos: En total, se incluyeron en este estudio 1000 pacientes con infección por SARS-CoV-2. Se recogieron datos clínicos de 997 pacientes y se obtuvieron 678 secuencias del genoma completo mediante secuenciación paralela masiva. Se realizaron análisis bivariados, multivariados y de árbol de clasificación y regresión entre variables clínicas y genómicas.
Resultados: La edad > 88 años y la infección con los linajes B.1.1, B.1.1.388, B.1.523 o B.1.621 para pacientes de 71 a 88 años se asociaron con muerte [odds ratio (OR) 6,048036, 95 % de confianza intervalo (IC) 1,346567-32,92521; p=0,01718674]. La necesidad de hospitalización se asoció a mayor edad y comorbilidades. La tasa de hospitalización aumentó significativamente para los pacientes de 38 a 51 años infectados con los linajes A, B, B.1.1.388, B.1.1.434, B.1.153, B.1.36.10, B.1.411, B.1.471, B .1.558 o B.1.621 (OR 8.368427, 95% CI 2.573145-39.10672, P=0.00012). Las asociaciones entre los clados y los resultados clínicos divergieron de los datos informados previamente.
Conclusiones: La infección con el linaje B.1.621 incrementó las tasas de hospitalización y mortalidad. Estos hallazgos, además del rápido aumento de la prevalencia en Colombia y otros países, sugieren que el linaje B.1.621 debe considerarse como una 'variante de interés'. Si se confirma la gravedad de la enfermedad asociada, se debe considerar la posible designación como "variante de preocupación".
Abstract
Objectives: This study aimed to explore associations between the molecular characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) and disease severity in ambulatory and hospitalized patients in two main Colombian epicentres during the first year of the coronavirus disease 2019 pandemic.
Methods: In total, 1000 patients with SARS-CoV-2 infection were included in this study. Clinical data were collected from 997 patients, and 678 whole-genome sequences were obtained by massively parallel sequencing. Bivariate, multi-variate, and classification and regression tree analyses were run between clinical and genomic variables.
Results: Age >88 years, and infection with lineages B.1.1, B.1.1.388, B.1.523 or B.1.621 for patients aged 71-88 years were associated with death [odds ratio (OR) 6.048036, 95% confidence interval (CI) 1.346567-32.92521; P=0.01718674]. The need for hospitalization was associated with higher age and comorbidities. The hospitalization rate increased significantly for patients aged 38-51 years infected with lineages A, B, B.1.1.388, B.1.1.434, B.1.153, B.1.36.10, B.1.411, B.1.471, B.1.558 or B.1.621 (OR 8.368427, 95% CI 2.573145-39.10672, P=0.00012). Associations between clades and clinical outcomes diverged from previously reported data.
Conclusions: Infection with lineage B.1.621 increased the hospitalization and mortality rates. These findings, plus the rapidly increasing prevalence in Colombia and other countries, suggest that lineage B.1.621 should be considered as a 'variant of interest'. If associated disease severity is confirmed, possible designation as a 'variant of concern' should be considered.
Subject
Keywords
Collections
- Investigación clínica [389]
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